Сделать MARK, и загнать все такие трансферы в какой-либо класс шейпера. 
Т.е. если например помеченные пакеты - все их отнести к классу 1:51 где
скорость ограничена от 32К до 64К:
  tc filter add dev eth1 parent 1:0 protocol ip prio 100 handle 51 fw classid 1:51
  tc class add dev eth1 parent 1:2 classid 1:51 htb rate 32Kbit ceil 64Kbit
  tc qdisc add dev eth1 parent 1:51 handle 51 sfq perturb 10