mcrypt (http://mcrypt.sourceforge.net)

Зашифровать:
   mcrypt data.txt
      Enter passphrase:
Расшифровать:
   mcrypt -d data.txt.nc
      Enter passphrase:

openssl (http://www.openssl.org)

Зашифровать:
   openssl enc -aes-256-cbc -salt -in file.txt -out file.out
      Enter aes-256-cbc encryption password:
Расшифровать:
   openssl enc -d -aes-256-cbc -in file.out
      Enter aes-256-cbc encryption password: